Tổ chức Hải quân Nhân dân Việt Nam từ cao đến thấp như sau:

• Bộ Tư lệnh Hải quân trực thuộc Bộ Quốc phòng
• Bộ Tư lệnh Vùng Hải quân (1, 2, 3, 4, 5)
• Lữ đoàn Hải quân
• Trung đoàn Hải quân
• Hải đoàn (tương đương với Tiểu đoàn Hải quân)
• Hải đội

Về tổ chức cấp Hạm đội (tương đương cấp Quân đoàn ở Lục quân), trước đây vào những năm 1970, Hải quân nhân dân Việt Nam từng tổ chức một hạm đội tàu chiến cơ động mang phiên hiệu Hạm đội 171 trên cơ sở sáp nhập Trung đoàn 171 và Trung đoàn 175 vào ngày 10/10/1975.[25] Năm 1981, thực hiện chủ trương chấn chỉnh lực lượng, tinh giảm biên chế của Quân ủy Trung ương, Hạm đội 171 rút gọn lại thành một lữ đoàn cơ động của quân chủng mang phiên hiệu Lữ đoàn 171. Như vậy, hiện nay Hải quân nhân dân Việt Nam chỉ tồn tại tổ chức chiến dịch cấp Lữ đoàn là lớn nhất.